La Historia de la Institución se remonta al l6 de Marzo de 1749, cuando el señor Cura Párroco del Socorro, Doctor Luis Francisco de Guzmán y don Gaspar Moller de Álvarez donan un terreno para la construcción, inaugurado el 12 de Julio del mismo año. Inició labores con 70 alumnos, siendo primer maestro Don Vicente de la Parra. El pensum académico comprendía las cátedras de Aritmética, Religión, Lectura y Escritura.
Con recaudos hechos por los pueblos del Cantón: Socorro, Chima, Simacota, Hato, Palmar, Confines, Guapotá, Páramo, Palmas del Socorro; según Acuerdo del 17 de Septiembre de 1824 dictado por el Cabildo, se ordenó la remodelación del Convento de los Capuchinos y adaptarlo para el Colegio.
El l5 de Enero de 1826, el General Francisco de Paula Santander decretó la fundación del Colegio y reglamentó su funcionamiento, quedando nombrado como primer Rector el Doctor Cayetano García. Inició labores el 2 de Enero de 1827 con un total de 35 alumnos.
Según Artículo 1º de la Ley del 30 de Mayo de 1835, se crearon las cátedras de Legislación Universal, Derecho Internacional y Economía Política, Derecho Civil y Derecho Eclesiástico, convirtiéndose el colegio en una verdadera universidad.
El 2 de Octubre de 1874, se transformó en Escuela Normal de Varones. Al estallar la Revolución de 1885, el edificio fue ocupado por soldados de la Regeneración y desaparecieron sus bellos gabinetes de Historia Natural, Física y también Química y su mobiliario. Después de un receso, abrió de nuevo sus puertas en l889. A cada guerra se cerraba el Plantel. En 1886 se convirtió en Cuartel.
De Febrero de 1898 a 1915, se convirtió en Seminario- Colegio con el nombre de Seminario Conciliar de San Carlos de Borromeo, siendo primer Rector Claudio Acevedo.
Desde 1916 en adelante, continuó funcionando como Instituto de Educación Secundaria, bajo la tutela económica del Departamento.
A partir de 1935, quedó funcionando en casas de arrendamiento porque la Junta Administrativa cedió el edificio al Batallón Baraya, en Noviembre del año anterior.
En 1936, siendo Rector el señor Joaquín Ortíz, como consecuencia de una huelga, se suprimió el Bachillerato que había sido renovado hasta 1948.
Por Ley de 1938, el Congreso de la República nacionalizó el Colegio, según Ordenanza Nº 26 del mismo año, de esa forma, la Junta Administrativa del Concejo Municipal inició las diligencias conducentes para hacer efectiva la disposición.
El proceso de nacionalización siguió su curso y el 5 de Agosto de 1940, se dictó Contrato de Nacionalización firmado por el Doctor Jorge Eliécer Gaitán, Ministro de Educación. Dicho contrato fue aprobado por Ordenanza Nº 14 del 1º de Julio de 1942.
Entre 1942 y 1947, se construyó la actual planta física, inaugurada en Febrero de 1948.
El Gobierno Nacional dio aprobación definitiva al Bachillerato, según Resolución Nº 2050 del 9 de Noviembre de 1948. La jornada Nocturna se inició en Febrero de 1972.
Desde 1948, la anterior Resolución aprobada fue renovada hasta el año l986, cuando el plantel fue visitado nuevamente por un grupo de tres Supervisores Departamentales y por uno Nacional.
El Plantel estableció la Jornada Nocturna desde el 3 de Mayo de 1982. Y desde el mes de febrero de 1999 esta jornada acogió la modalidad por ciclos, según el Decreto 3011 del 19 de diciembre de 1997.
Actualmente, cuenta con 1.115 alumnos matriculados en ambas jornadas, distribuidos así: La jornada diurna con 773 alumnos, bajo la orientación de 40 profesores de Tiempo Completo, un Rector, dos Coordinadores uno de Disciplina y otro Académico y una
Psicorientadora. La jornada nocturna con 342 alumnos, bajo la instrucción de 12 docentes, un coordinador de disciplina y el Rector que es el mismo de la jornada diurna.
Durante las dos últimas décadas han desempeñado la Rectoría los siguientes Educadores:
1975 a 1977, Dr. Alfredo Lamus Rodríguez
1977 a l984, Lic. Juan Manuel Pretelt Naranjo
1984 a 1985, Magister. Manuel G. Salazar Perea (Encargado).
1985 a l992 Pbro. Jaime E. Pico Gil
1992 a 1999 (marzo 3) Magister Manuel G. Salazar Perea.
A partir del 16 de marzo de 1999 el Especialista Antonio David Silva Cala (Encargado).
La institución se ha destacado en el desarrollo de actividades deportivas, participando cada dos años en los Juegos Santanderinos programados a escala nacional; de igual forma en el campo del teatro y danzas; a nivel departamental e internacional (Iquitos, Perú), actualmente tiene 3 grupos de teatro, 3 grupos de danzas y uno (1) de Porristas. El colegio es centro piloto en el proyecto de Educación Sexual. La banda de honor del colegio también ha sobresalido por sus actuaciones regionales y departamentales. En el campo literario se resaltan las obras escritas por los docentes Luis Eduardo Manrique Corzo, Alfonso Hernández Bustos y Luis Helio Villamizar Jaimes.
El 24 de Septiembre de 1991 el Ministerio de Educación Nacional, dentro del plan de Apertura Educativa, creó el programa "Nuevas Tecnologías de la Información y la Comunicación", el cual desarrollará a través del Sistema Nacional de Informática
Educativa - SISNIED-. Fue creado por la Resolución 617 del 12 de Febrero de 1991 para promover y fomentar la incorporación de la informática en el proceso educativo a nivel Nacional, citó a un Concurso mediante la presentación de un Proyecto Institucional en el
cual se proponían cumplir los criterios y condiciones establecidas en los objetivos del SISNIED y hacerse acreedor a un Centro de Innovación en Informática Educativa –CIIE.
En 1991 el Ministerio de Educación Nacional asignó Once Millones de Pesos ($11.000.000) a todos los Colegios Santanderinos para la compra de Equipos de Computación, estando como Rector el Presbítero Jaime Enrique Pico Gil. Se adquirieron 15 computadores XT - 8088 Leading Edge, una impresora EPSON 1050 de carro ancho y un regulador de 1 KVA para servicio de la Secretaría con el fin de manejar la Contabilidad Académica de los alumnos del Colegio.
En 1992 el Colegio Nacional Universitario presentó un proyecto llamado "ORGANIZACION DE UN CENTRO DE INNOVACION EN INFORMATIVA EDUCATIVA" elaborado por las Licenciadas Esperanza Mejía de Gómez y Marina Gil La-Rotta, haciéndose acreedor por la calidad del mismo, a la instalación de un Aula de Informática tipo 2B, inaugurándose el 16 de Abril de 1993.
Actualmente todas las dependencias de la institución, se encuentran técnicamente sistematizadas. Se tiene Red INTERNET.
El colegio se proyectó con la celebración de sus 170 años, formando la primera asociación de ex alumnos quienes donaron un computador Marca MARKVISION PENTIUM 100, para mejoramiento de la sistematización de los boletines y de la sistematización de la pagaduría.
Con la reforma educativa, se proyecta el Convenio de Articulación SENA-CUS, para atender las exigencias del servicio ocupacional que se presenta a nivel regional.
